Prototype 2, der Nachfolger zum wohl meistverkauften Open-World-Game des Jahres 2009 von Radical Entertainment, trägt die unübertroffene Verwüstung des Originalspiels "Prototype" eine Stufe weiter und setzt das Erlebnis der Spielfigur als ultimative Formwandler-Waffe fort. Als frisch infizierter Protagonist des Spiels, Sgt. James Heller, schlägt der Spieler sich auf blutigen Pfaden durch das verwüstete Ödland, in das New York Zero (oder einfach NYZ) durch das Virus verwandelt wurde.

Mit unvergleichlichen Fortbewegungsmöglichkeiten und einem gewaltigen Arsenal an tödlichen Biowaffen und Fähigkeiten verfolgt der Spieler jagend, tötend und verzehrend das ultimative Ziel: Alex ... Mercer ... töten!

14 Monate sind vergangen, seit New York zu einem verseuchten Kriegsgebiet wurde. Der Verantwortliche – Alex Mercer – ist seitdem zum Geist geworden, zu einer Schreckgestalt, deren Schatten über der Stadt hängt.