Zehn Jahre sind vergangen seit die Affen in San Francisco ausgebrochen sind und sich das "Affenvirus" auf dem Planeten verbreitet und große Teile der Bevölkerung dahin gerafft hat. Die moderne Welt wie wir sie kennen, gibt es nicht mehr. Caesar, Anführer der intelligenten Affengemeinschaft, hat mit seinen Artgenossen in den Wäldern vor der Großstadt ein Territorium errichtet. In diesem Lebensraum der Affen befindet sich allerdings ein lahmgelegter Staudamm, der die Großstadt erneut mit Energie versorgen und den Wiederaufbau einleiten könnte. Eine kleine Gruppe der Menschen, darunter Malcolm (Jason Clarke) und seine Frau Ellie (Keri Russell), nimmt Kontakt mit den Affen auf. Behutsam gewinnt man gegenseitiges Vertrauen. Doch da gibt es auch noch Skeptiker, die ihre Feindseligkeiten nicht ablegen können. Einer von ihnen ist Dreyfus (Gary Oldman), der dafür plädiert zu kämpfen. Und dann passiert es: Das Abkommen zwischen Mensch und Affe wird unterwandert. Ein Krieg steht bevor.