Innere Dämonen
Gejagt und ausgestoßen enthüllt der Prinz ein eigenes düsteres Geheimnis. Die Schlachten vergangener Tage haben ihre Spuren hinterlassen und eine tödliche und dunkle Kraft auferstehen lassen, die langsam von ihm Besitz ergreift und seine Seele entzweit. Der neugeborne Dark Prince ist ein Alter Ego und besitzt im Gegensatz zum Prince of Persia ganz andere Kräfte und Waffen, wie eine Kette, mit welcher der dunkle Prinz um sich schlägt. Während des Spielverlaufs ist es möglich zwischen den unterschiedlichen Charakteren zu wechseln in dem man durchs Feuer springt. Dem jeweiligen Charakter ist es möglich seine eigenen todbringende Waffen zu benutzen, die bei jedem Wechsel noch tödlicher werden wie nie zuvor.

Kampf gegen das Schicksal
Darüber hinaus verbindet Prince of Persia: The Two Thrones mit seiner Rückkehr in das belagerte Babylon die besten Elemente aus seinen Vorgängern The Sands of Time und Warrior Within. Im Kampf gegen das Schicksal steht ihm dabei der neuartige „Speed-Kill-Move“ zur Verfügung. Dabei schlägt er mit einem blitzschnellen Hieb seinen Gegner zu Boden, bevor er sich dem nächsten Feind widmet. Ein vielfältiges Waffenarsenal steht dem Prinzen zur Verfügung, das durch die Kombination verschiedener Waffen verheerende Angriffe erlaubt.