Im 18.Jahrhundert wird in Paris Jean-Baptiste Grenouille (Ben Whishaw) mit einer sensorischen Anomalie geboren: er hat keinen Eigengeruch wie jeder andere Mensch, weswegen er von seiner Umwelt abgelehnt, ja praktisch gehaßt wird. Allerdings hat er im Umkehrschluß auch ein besonderes Talent: er besitzt einen Geruchssinn, den sonst niemand auf dem Planeten vorweisen kann. Mit ungewohnter Zähigkeit und Gleichmut, allerdings auch ohne Zugang zu menschlichen Gefühlen oder einer entsprechenden Moral übersteht er alle Widrigkeiten des Lebens, bis er schließlich bei dem berühmten Parfümeur Guiseppe Baldini (Dustin Hoffman) in die Lehre geht, der sich von Grenouilles Fähigkeit, jede Zutat eines Parfüms durch Riechen zu erkennen und sie blind zu mischen und zu verfeinern, großen Erfolg verspricht.
Daß Grenouille bereits einen Mord begangen hat, ahnt niemand, doch der Lehrling hat große Ziele: er will den wunderbarsten Duft der Welt herstellen und findet dafür auch die passende Blume, Laure (Rachel Hurd-Wood), die Tochter eines reichen Mannes (Alan Rickman). Plötzlich kommt es in seiner Umgebung zu einer Reihe von Todesfällen unter jungen, hübschen Mädchen...